《阿丽塔战斗天使》的故事发生在“天坠之战”三百年后，依德在垃圾场捡到了还活着的合成人，给她取名叫阿丽塔。其实， 三百年前的阿丽塔有自己的名字，99只是她的代号。
漫画中，三百年前的阿丽塔真名叫阳子（YoKo），编号是99，她出生在火星殖民地，因火星在地球化战争时父母被杀害而沦落成孤儿，之后被纪露达所救，训练成为一名战士。
而后，阳子（阿丽塔）加入了秘密组织“甘玛格尔兹贝”，参加了破坏“宇宙都市”耶路中央电脑的任务，意外被俘虏，处以投下大气圈之刑罚，由这起“坠落”事件正式开启了《铳梦》的故事。
电影故事的时间线则是三百年后，从依德捡到阿丽塔开始。阿丽塔虽然失去了记忆，但她潜意识里还会做出她当战士时的一些动作，比如，用小狗的血在脸上化了两道红线。
她这一举动并不是在祭奠小狗，而是火星战士出征前的传统动作。影片中，阿丽塔每次战斗时都会想起之前的一些往事，可惜她还是没记起自己之前叫什么，只记住了99这个代号。
关于阿丽塔名字的由来，现实世界中还有不得不说的小故事。漫画中，依德捡到阿丽塔之后，给她取的名字不是阿丽塔，而是加里（Gally），这是依德养的母猫的名字，这只猫脾气暴，爱打架，不服输，性格和阿丽塔很像。
漫画从日本风靡到北美之后，国外网友嫌加里这个名字不出众，不好听，没特色。有位大神从电影灵感中给加里换了阿丽塔这个名字，得到了漫画迷们的一致认可，阿丽塔这个名字才这样传开的。
