《侏罗纪公园》的重启全球票房成绩惊人，事实证明恐龙的人气永远不会受到冷遇，所以环球影业紧锣密鼓地筹备了第二季……侏罗纪公园灾难三年后，纳布尔岛再次成为世界媒体和舆论关注的焦点。三年来，岛上的恐龙种群自给自足，与文明和平相处。该岛长期休眠的火山最近被重新归类为活跃火山，并显示出大规模喷发的迹象，这使得地质学家预测了一次灭绝事件。关于是否要保护生活在纳布尔岛上的恐龙的争论已经引发了全球媒体的争论。美国国会已经举行了听证会来听取这些要求。
三年前大混乱让很多人心有余悸，不采取任何预防措施，任由恐龙自生自灭的观点逐渐占了上风。很多动物保护组织不希望恐龙灭绝事件再次上演，其中就包括了原侏罗纪主题公园的运营主管克莱尔。身为恐龙保护组织的负责人，克莱尔极力游说议员。虽取得了一些成果，但大势所趋，国会最终决定将恐龙的命运交于上帝裁决。
国会的决议无异于宣判那些存活在小岛上的史前生物死刑。就在克莱尔失望之际，接到了一通电话，对方自称米尔斯，是本杰明·洛克伍德遗产管理人。本杰明·洛克伍德是“侏罗纪公园”的两位创始人之一，听到这个名字，克莱尔心中又燃起了一丝希望之火。
按照米尔斯所说的地址，克莱尔应邀来到了位于加州的洛克伍德庄园。一座上百年历史的古城堡耸立在树林掩映之间，克莱尔刚下车就被其气势所折服。就是在这里，约翰和本杰明共同从琥珀中提取出恐龙基因，让灭绝的生物重现世间，开辟了生物学新篇章。纳布拉尔岛、侏罗纪公园，所有的一切都是起始于城堡下的实验室。
步入大堂，墙壁上众多人物油画中，她一眼就认出另一位创始人约翰·哈蒙德的画像。克莱尔心生崇敬之情，正欣赏着，身后传来米尔斯的声音。七、八年前克莱尔和米尔斯有过一面之缘，当时米尔斯刚刚大学毕业，就负责经营本杰明·洛克伍德的基金。二人边说边穿过大堂里摆放的恐龙化石标本，走向展示台。展示台上是一座环形岛屿的模型，那是米尔斯为纳布拉尔岛恐龙们找到的庇护所。四周有山脉形成天然屏障，其间水草丰美足够恐龙在此繁衍生息。
年逾九十的本杰明坐着轮椅来到克莱尔面前，寻找这个庇护所是他和约翰生前的最后愿望，让那些史前恐龙能自由、不受人类打扰的继续生存于地球上。这个老人的内心始终充满了愧疚，当年意气风发的他们使用了基因技术，就如同还未学会走路就想着跑步的小孩。当意识到危险时，已为时太晚。这座庇护所建立，只能算是本杰明赎罪道路上的一站。
明白了本杰明的心意后，克莱尔全力以赴要为老人实现愿望。小岛上的每只恐龙都有可用于追踪的ID晶片，如果能利用这点，米尔斯组织的抓捕小队就可以更快速的捕获恐龙，在火山爆发前将它们运往庇护所。但三年前的混乱让岛上的控制中心停止了工作，需要克莱尔的掌纹重新登陆，激活追踪系统。在这些恐龙里，米尔斯更关心的是一只蓝色的迅猛龙。它有着仅次于人类的智慧，是世界上独一无二的恐龙。
克莱尔知道米尔斯所说的迅猛龙是指“小蓝”，小蓝能在一英里外就察觉到捕猎者的气味，让捕猎者永远找不到抓住它的机会。要想安全转移小蓝，就必须得到一个人的帮助，退伍军人欧文。欧文曾在“侏罗纪公园”以军方训练海豚的方法训练过迅猛龙，在那段时间里与小蓝建立起能够相互交流的方式。要想找到小蓝，非他莫属。
克莱尔马不停蹄的赶到西雅图，找到正在雷尼尔雪山脚下，过着悠闲生活的欧文。两人之间一段短暂的感情史，欧文至今耿耿于怀。而且米尔斯已经联系过欧文，被欧文回绝。既然话不投机，克莱尔也不勉强。感情的事就是这样，心里越记恨，实际上越放不下。晚上，欧文独自坐在电脑前，看着训练小蓝时的录影资料，想着与克莱尔一起从暴虐霸王龙利爪下死里逃生的经历，心中改变了主意。
清晨时分，克莱尔来到机场，要搭乘轻型飞机前往纳布拉尔岛。坐上飞机，她不由自主的透过舷窗望向机场外，巴望着能在最后时刻看到欧文的身影。这时，欧文伸了个懒腰，从机舱最后排座位上坐了起来。克莱尔又惊又喜，脸上却装出毫不在乎的表情，简单的介绍了同行的系统分析师富兰克林和古生物兽医琪雅。
飞机在朝阳的照耀下起飞，经过几小时的海上飞行，终于平稳的降落在纳布拉尔岛简易跑道上。故地重游，克莱尔和欧文的心里没有多少激动，更多的是紧张。前来迎接他们的是绰号“白人猎手”的肯·惠利特，他带领着百来号人的远征队，已在岛上工作了几个月，进展并不理想。
众人分乘几辆装甲车进入园地，远处的火山冒出滚滚浓烟，发出隆隆巨响。当车队抵达破败的接待中心时，一只巨大的腕龙正在啃食着树顶的枝叶。同样是第一次见到恐龙的琪雅和富兰克林态度迥异，琪雅迫不及待的冲出装甲车，亲眼看看这个大家伙。富兰克林则躲在众人身后，连大气都不敢喘。
