《名侦探柯南》虽然还没有完结，但是网上一直都有传出BOSS的消息，当然这些只是推测，而阿笠博士就是其中之一。
对于阿笠博士是boss这个说法，当时虽然为可能一切计划、行动、甚至软肋都被这个潜在boss看在眼里的柯南担心，但也是感觉这个分析的非常有道理，直到后来这个观点被73多次否认，也算是给了小伙伴们一个交代。
阿笠博士这个人确实有很多地方都非常的可疑。比如，这家伙明明已经是一个头发花白而且是地中海的老人了，但是却依然没有成家生子。虽然在作者在某一篇章中已经给我们解释了阿笠博士至今单身的理由，但是这并不足以让读者信服啊！
难道会有人因为心里惦记着初恋情人所以就一辈子不娶不嫁吗？因此有很大的可能阿笠博士是在故意隐藏自己的身份。而且阿笠博士这个人制造出了太多的黑科技装备，甚至有很多都已经违背了物理定律达到了“天顶星科技”的级别！其实说白了，阿笠博士在作品中也不过是一个“民科”而已，他的研究水平和设备水平应该说并不是顶尖水平。
其次我们可以发现，阿笠博士就好像和ATPX4869特别有缘分一样，不管是一开始服药的柯南，还是后来服药的灰原哀，最终都聚集到了阿笠博士的家里，这难道是一种巧合吗？
而且每次柯南与组织对决的时候，尤其是琴酒，柯南总是占不到便宜，这让大家就开始怀疑，是不是阿笠博士偷偷地给琴酒报信，如果是这样的话，那为什么不和琴酒直接说明白哪？
还有就是关于灰原的事情，如果阿笠博士是BOSS，他为啥还要收留灰原，难道他和贝姐一样，就是喜欢宠着柯南？如果真的是这样，这种设定未免也太奇怪了，马上联想到的一句话就是：关爱空巢老琴。
但是对于阿笠博士是最终BOSS这个观点，也有很多网友表示不赞同。他们认为如果阿笠博士是最终BOSS的话，那么《名侦探柯南》这部作品未免设定得有点太过于黑暗了。这样的结局会给小朋友们留下多么大的心里阴影啊！
青山刚昌确实在某次访谈中谈到了阿笠博士是最终BOSS的可能性。当时的大致情况是这样的，记者问青山刚昌：“关于故事的最终大结局你有什么什么可以透露的呢？”，青山刚昌当时回答道：“可以肯定，最终结局是新一和小兰圆满的结局，而关于黑衣组织最终BOSS这件事，其实这个人在作品中已经出现过了，至于大家猜测的阿笠博士，其实真不是他啦！”
